Um den Schüler:innen ein selbstbestimmtes und selbstständiges Arbeiten zu gewährleisten, gibt es in der Rupert-Neudeck-Schule von Montag bis Freitag Lernbürozeiten in denen die Schüler:innen in Deutsch, Mathematik und Englisch an differenzierten Aufgaben (Lernpläne) auf verschiedenen Niveaus selbstständig arbeiten. 

 In der Jahrgangsstufe 7 erfolgt die Einteilung der Schüler:innen in Grund- und Erweiterungskurse in den Fächern Mathematik und Englisch, die bis einschließlich Klasse 8 binnendifferenziert im Klassenverband stattfinden. Eine weitere Kurseinteilung wird in der Jahrgangsstufe 9 in den Fächern Deutsch und Chemie vorgenommen. Die Anzahl der Grund- und Erweiterungskurse und die darin erbrachten Leistungen sind für die Erlangung der unterschiedlichen Schulabschlüsse (Hauptschul- oder Fachoberschulabschluss ggf. mit Qualifikation) entscheidend.